अथर्वशीर्ष अनेक भाविक दररोज म्हणत असतात. मात्र गणपती अथर्वशीर्ष पठण करताना काही नियम पाळावे लागतात. ते नियम पाळून अथर्वशीर्षाचे पठण केल्यास उत्तम फलश्रुती प्राप्त होते.
* उच्चार अगदी स्पष्ट असावे.
* अथर्वशीर्ष एकाच गतीने अतिशय हळू बोलला पाहिजे.
* अथर्वशीर्ष म्हणण्यापूर्वी स्नान करावे.
* अथर्वशीर्ष अर्थपूर्णरीत्या पठण केले पाहिजे.
* अथर्वशीर्ष एकापेक्षा जास्त वेळा म्हणावे लागेल तेव्हा 'वरदमूर्तये नमः'. इथपर्यंत वाचावे. त्यानंतर वटच्या आवर्तनानंतर पठण करावे.
* अथर्वशीर्षापूर्वी दिलेला शांती मंत्र प्रत्येक पठणापूर्वी न म्हणता सुरुवातीला एकदाच उच्चारावा.
* गणेश अथर्वशीर्षाची एकवीस आवृत्ती म्हणजे अभिषेक.
* गणेश अथर्वशीर्षाचे पठण करताना धूतशास्त्र, मृगजीन, धबली किंवा दर्भ चटई वापरावी.
* अथर्वशीर्ष पठण करताना मांडी बदलणार नाही याची काळजी घ्यावी.
* दक्षिण दिशेशिवाय इतर कोणत्याही दिशेला तोंड करून बसावे.
* अथर्वशीर्ष पाठ करण्यापूर्वी गुरूंना तसेच ज्येष्ठांना नमस्कार करावा.
* अथर्वशीर्ष पठण करण्यापूर्वी गणपतीची पूजा करून अक्षता, दुर्वा, शमी आणि लाल फुले वाहावीत.
* पूजा करणे शक्य नसेल तर गणपतीच्या मनःस्थितीचे ध्यान करावे, नमस्कार करावा